一套完整的醫(yī)院管理his系統(tǒng)，主要必須涵蓋兩個(gè)區(qū)塊，一個(gè)是臨床信息系統(tǒng)CIS（ClinicalInformationSystem）、另一個(gè)是醫(yī)院管理信息系統(tǒng)HMIS（HospitalManagementInformationSystem）。早期的醫(yī)院信息系統(tǒng)，大多僅著墨于臨床信息系統(tǒng)，也就是主要范圍在支持醫(yī)院醫(yī)護(hù)人員的臨床動(dòng)作、協(xié)助收集與處理病人的臨床醫(yī)療信息，以及透過(guò)歷史資訊提供醫(yī)護(hù)人員大量臨床醫(yī)學(xué)知識(shí)，來(lái)增進(jìn)醫(yī)護(hù)人員的工作效率、輔助診療進(jìn)行，與更精準(zhǔn)地下達(dá)臨床決策。
　　
　　但這些臨床信息系統(tǒng)，大多是跟隨單項(xiàng)醫(yī)療作為所設(shè)計(jì)，舉例來(lái)說(shuō)：醫(yī)囑處理系統(tǒng)、臨床照護(hù)系統(tǒng)、各種檢查檢驗(yàn)系統(tǒng)與藥物諮詢(xún)系統(tǒng)等等。這些系統(tǒng)通常十分分散，且絕大部分由不同的軟件廠商進(jìn)行開(kāi)發(fā)，相互之間的信息無(wú)法支援傳遞。常常使得一個(gè)簡(jiǎn)單的工作，需要花費(fèi)原本兩倍以上時(shí)間來(lái)處理，進(jìn)而影響終端使用者（也就是醫(yī)護(hù)人員）的使用意愿，造成大量資源的浪費(fèi)。
　　
　　因此以一個(gè)完善的臨床信息系統(tǒng)來(lái)說(shuō)，如何去整合各項(xiàng)子系統(tǒng)之間的信息傳遞，快速地累積并豐富醫(yī)療資源信息，促使醫(yī)護(hù)人員的工作效率與品質(zhì)提升，為新一代臨床信息系統(tǒng)的主要課題。
　　
　　除了臨床信息系統(tǒng)之外，醫(yī)院管理信息系統(tǒng)的需求也日漸抬高。HMIS主要的目標(biāo)，在于支持醫(yī)院管理與事務(wù)處理工作，透過(guò)相關(guān)信息的收集與分析，輔助高層管理人員下達(dá)并執(zhí)行決策，力求以最低的資源投入達(dá)成高的經(jīng)濟(jì)效益。目前最常見(jiàn)到的人事系統(tǒng)、財(cái)務(wù)系統(tǒng)、指標(biāo)與評(píng)鑒系統(tǒng)等等，皆屬于醫(yī)院管理信息系統(tǒng)之范疇。
　　
　　醫(yī)院管理信息系統(tǒng)相較于臨床信息系統(tǒng)，因?yàn)樗鶢可娴降墓ぷ魅藛T較少，使用者的層級(jí)較高，所以比較起來(lái)所耗費(fèi)的人力資源與成本，相對(duì)地較為低廉。有管理層面的作為，通常會(huì)直接影響醫(yī)院營(yíng)運(yùn)發(fā)展，所能展現(xiàn)出來(lái)的實(shí)質(zhì)效益較高，所以如果以投入與產(chǎn)出的考量點(diǎn)出發(fā)，絕大多數(shù)的醫(yī)院決策者，均認(rèn)為導(dǎo)入HMIS會(huì)比CIS，更直接、更明確，且更有系統(tǒng)性地得到回報(bào)。
　　
　　但我們必須了解一點(diǎn)，HMIS與CIS不管在醫(yī)院運(yùn)營(yíng)，亦或是一般醫(yī)療工作流程，實(shí)為無(wú)法區(qū)分之兩個(gè)相互關(guān)聯(lián)個(gè)體。以CIS來(lái)說(shuō)，系統(tǒng)的出發(fā)點(diǎn)在于以病患為中心的相關(guān)臨床醫(yī)療信息；而對(duì)于HMIS來(lái)說(shuō)，工作實(shí)務(wù)面的信息收集，是管理系統(tǒng)資料分析的主要來(lái)源。因此CIS與HMIS的相互搭配，會(huì)使得彼此之間的工作效率與準(zhǔn)確度大為提升。
　　
　　現(xiàn)今有許多的大型系統(tǒng)廠商相繼投入開(kāi)發(fā)HIS系統(tǒng)這個(gè)領(lǐng)域，例如：IBM、微軟、Novell等等，但這些公司都面臨到一些相同的問(wèn)題點(diǎn)：
　　
　　1.軟件公司缺乏醫(yī)療相關(guān)管理與實(shí)務(wù)經(jīng)驗(yàn)，醫(yī)院方面缺乏計(jì)算機(jī)專(zhuān)業(yè)人才，因此導(dǎo)致無(wú)法將醫(yī)院實(shí)質(zhì)需求，轉(zhuǎn)換為確切的開(kāi)發(fā)目標(biāo)。常常淪落至為了臨時(shí)需求而開(kāi)需求，系統(tǒng)項(xiàng)目越來(lái)越多，迷失原先系統(tǒng)所欲達(dá)成之目標(biāo)。
　　
　　2.相同需求或相同項(xiàng)目重復(fù)進(jìn)行開(kāi)發(fā)，這個(gè)問(wèn)題點(diǎn)主要在于：不同的使用者單位，其管理方式有決定性上的差異，而使得已開(kāi)發(fā)之軟件無(wú)法通用，必須重復(fù)耗費(fèi)巨額的開(kāi)發(fā)成本。
　　
　　3.HIS管理軟件與其他的MIS管理軟件不同，并無(wú)任何統(tǒng)一的運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)，也無(wú)業(yè)界統(tǒng)一較為高水平之指標(biāo)項(xiàng)目，因此想單以一個(gè)成功桉例來(lái)進(jìn)行推廣起來(lái)較為困難。